此外，募投项目与企业现有生产规模及管理能力不匹配，企业小马拉大车，则会存在较严重的匹配风险;某些投资项目手续不齐，不符合法律法规的要求，则存在一定的合规风险。
权属纠纷的不确定性
立立电子早在2007年就向证监会递交了IPO申请材料，于2008年3月5日通过发审会审核，5月6日获得IPO核准批文并完成资金募集。但是，立立电子的上市一直备受社会质疑，被认为掏空另一公司浙大海纳资产并二次上市。证监会在接受举报后，调查发现立立电子在2002年部分股权交易程序上有瑕疵，存在权属纠纷的不确定性。
2009年4月3日，证监会发审委在会后事项发审委会议上撤销了立立电子IPO核准批复，并要求将全部募集资金连本带利退还投资者，开了证券市场IPO申请先批后撤的先例。
信息披露质量差
创业板首批上市公司神州泰岳曾在2008年冲击中小板未果，在2009年9月24日的网上路演中，神州泰岳董事长王宁对投资者表示，中小板未通过是因为“对审核所关心的问题理解不充分，回答陈述不够清楚，信息披露不够完整，导致委员有不同意见。但是公司本身不存在持续盈利能力及规范运作方面的问题”。
有不少拟上市企业，申请材料未按规定做好相关事项的信息披露。申请文件以及招股说明书准则是对信息披露的最低要求。由于投资者更看重企业未来的盈利能力，上市企业在信息披露时，应当坦诚相待，尤其是对投资决策有重大影响的信息，无论准则是否明确规定，申请人公司均应披露。否则，如果在发审委会议上被发审委委员当面指出问题要害，对上市过程的危害性反而更大。
在另一例个案中，某申请企业在成立之初设计了一套“动态股权结构体系”，把内部员工股东分为三档，股东每退一个档次，折让50%的股份给公司，作为公司的共有股权。为此，公司出现了股份代持和多次内部股权转让，但申请材料中对历次股权转让的原因披露不准确、不完整，且未披露股东代持的情形，上市最终失败。
财务会计问题
主要指企业滥用会计政策或会计估计，涉嫌通过财务手段粉饰财务报表。
2009年12月23日被否决发行申请的华西能源工业股份有限公司，在上市前就遭到上海国家会计学院教师郑朝晖(笔名夏草)的质疑。2006年到2009年上半年，公司营业收入及净利润呈增长态势，但是同期的应收账款及存货量同样高速增长，而预收账款大幅下降。应收账款的上升意味着同期经营活动产生的现金流并没有增加，且大量的存货将影响未来收益。
夏草还指出，华西能源职工的薪酬和所得税费用在报告期内逐年下降，一般而言，如果企业营业收入处于持续增长时期，这两项指标应该逐年上升。综合多种疑问，表明华西能源有操纵报告期内收益的嫌疑。
