历史出资瑕疵。常见于出资人未足额出资或出资的财产权利有瑕疵的情况，2008年被发审委否决的一例个案中，首发申请企业存在无形资产出资问题，公司控股股东以原有申请人无偿使用专利和非专利技术经评估作价2.16亿元向申请人前身增资。该公司设立时，控股股东已将其所属科研部门投入该公司，相关专利及非专利技术已由前身公司及改制后的申请人掌握并使用多年，且已经体现在申请人过往的经营业绩中。因此，相关无形资产作价增资存在瑕疵。
历史股权转让瑕疵。由于不少拟上市企业是经国有企业或者集体所有制企业改制而来，其国有股权或者内部员工股权在转让过程中，往往出现瑕疵。如国有股权转让，企业需考虑是否获得国有资产主管部门的书面批准。
法律法规规定企业上市前职工持股人数超过200人的，一律不准上市;存在工会持股、持股会以及个人代持等现象的公司也不准上市。而在内部员工持股的清理过程中，IPO申请公司很容易因为各种利益问题在上市过程中被举报或遭受质疑。
某些BVI构架的红筹公司在转为内地上市的过程中，也要注意股权转让问题。如未能过会的深圳海联讯科技股份有限公司，外界普遍猜测其被否原因是由于海外上市未果，转为在国内上市，在企业类型由外资公司变更为内资公司时，由于BVI股权构架的问题，股权交易复杂且存在瑕疵。
实际控制人认定问题。根据未过会的北京福星晓程招股说明书显示，汉川市钢丝绳厂直接和福星生物医药间接持有的公司股份为41.97%，为公司实际控制人。问题是，福星晓程的主营业务是集成电路产品的生产与销售，实际控制人对公司业绩的提升没有明显作用。而公司第二大股东程毅作为总经理，全面负责公司经营管理工作，公司成立时的核心技术也是由程毅投入，因此市场猜测，程毅才是福星晓程真正的实际控制人，公司实际控制人认定不够准确。
管理层重大变动。创业板明确规定：“发行人最近两年内主管业务和董事、高级管理人员均没有发生重大变化，实际控制人没有发生变更。”被否决的天津三英焊业，2009年1月12日，两名董事朱树文、卢迅代替因工作变动辞职的李琦、覃西文进入董事会。此时距离公司申请上市不到一年，最终上市失败。
募投资金效益风险大
未过会的赛轮股份，招股说明书显示其募投资金投向之一是生产半钢子午线轮胎，并说明该产品80%用于出口，且北美市场占其出口总额的50%。但在赛轮股份上市的过程中，不曾料到2009年国际环境突变，美国政府宣布对产自中国的轮胎实施3年惩罚性关税，其募投项目未来的经济效益存在较大的不确定性。
这类风险还包括经营模式变化、项目可行性等，这些都需要企业给予全面的分析论证。如上海超日太阳能募投资金的投向是，将光伏电池片产能从现有的20兆瓦扩充至120兆瓦，增加幅度为5倍，同时电池组件产量增加1.82倍。但在2009年，光伏产业还未复苏，在国内也被认为是产能过剩行业，因此公司募投项目是否具有良好的市场前景和盈利能力都缺乏合理解释。
融资必要性不足也属于募投资金运用的问题。一般来说，
