当“刷二维码”的微信支付逐步深入日常生活，普通消费者首先要注意安全问题，一定不能“见码就刷”，一定不要轻易泄露身份证、姓名、银行卡号等重要信息。
目前确实出现一些安全问题。以刷“二维码”为例，就出现“二维码”中含有木马程序，导致支付宝账户被盗的情况。另外，目前微信公众平台上各种“山寨”公众账号的盛行，甚至出现某大型保险（放心保）公司山寨公众账号的粉丝居然比其公司官方微信的粉丝还要多的情况。
江苏张家港警方还在官方微博上提醒，微信也时常有骗子出没，盗号现象时有发生，不要轻信借钱等消息，不安全的链接也不要轻易点。另外，用微信支付时要小心。警方提醒说，微信引发的违法犯罪案件中，受害者多为年轻人。上述不安全的行为主要原因是微信存在系统性风险漏洞，理论上只要拥有QQ号或手机号码就可以拥有并使用微信，但微信后台对于上述用户缺少明确识别，部分注册用户使用的QQ号亦没有经过安全认证。
值得注意的是，从微信支付看，如果用户办银行卡时有在银行预留手机号，那么只需填写银行卡号、姓名、身份证号和预留手机号就实现银行卡绑定，然后通过设置的支付密码就可实现消费，并不需要银行卡的密码，其中就存在潜在风险，消费者一定要做好这些重要信息的保密工作。
一位360安全专家也提醒，二维码不能“见码就扫”，尤其要警惕陌生人发来的二维码，例如带有软件下载、账号登录网页的二维码，应立即关闭页面。如果手机曾经扫描过可疑二维码，应使用专业安全软件进行查杀，以免遭遇短信泄露甚至财产损失。
虽然目前腾讯携手中国人保财险向微信支付用户提供全额赔付保障，承诺“你敢付，我敢赔”。微信支付团队相关负责人就此指出，目前微信支付的安全性要胜于市场上其他移动支付产品。但是微信承诺赔偿只针对微信支付的安全漏洞，出现盗刷如何界定责任也很复杂，因此消费者一定要注意留好消费记录等。
